Si haces:
cat backup.sql | /opt/lampp/bin/mysql -u root -D BaseDeDatos -pTe meterá la información que contenga backup.sql en BaseDeDatos, pero puedes tener problemas con el cotejamiento. Al añadirle --default-character-set=utf8 se solucionará el problema, porque fuerzas la conexión a UTF8 y volverás a ver las tildes correctamente.
cat backup.sql | /opt/lampp/bin/mysql -u root -D BaseDeDatos --default-character-set=utf8 -p