Ejecutando desde linea de comandos directamente, utilicé el comando:
rdesktop -u Administrador -g 1024x720 -D xxx.xxx.xxx.xxx:3389Este comando os abrirá la conexión con el escritorio remoto en una resolución de 1024x720, el standar es 1024x768. Así que ese puñado de pixeles que nos faltan son los de los paneles de Gnome (superior e inferior).
Al quitarle el decorador de ventanas (-D) no nos aparecerá el borde del terminal y simplemente nos tapará todo el escritorio dejando libres los dos paneles, de esta forma podemos seguir accediendo a las aplicaciones que tengamos en nuestro Ubuntu.
Yo tengo una pantalla pequeña (1024x768), si utilizas una pantalla con más resolución solo tendrás que ajustar el número de pixeles de alto, para dejar visibles los paneles de Gnome.
Ya solo tendrás que crear un lanzador para tener mucho más accesible la comunicación con el Windows que estás configurando.